水污染防治法管制的事業廢水包含作業廢水、洩放廢水、未接觸冷卻水及逕流廢水，此外，亦管制員工每日所產生之生活污水。事業或污水下水道系統在設立之初到實際運作排放廢(污)水之過程當中，主要需依循的法令及順序如圖1
根據「水污染防治法事業分類及定義」，只要製程特性符合該業別之定義，或者排放之水量達管制之門檻，則屬於水污染防治法管制的對象。
符合水污染防治法管制的對象，需依法向環保機關申請「水污染防治措施計畫」及「排放許可證」。若符合「應先檢具水污染防治措施計畫之事業種類、範圍及規模」所公告項目之事業單位，在申請「排放許可證」前需先提送「水污染防治措施計畫」，將廢水處理設施的設計處理流程、槽體尺寸、處理單元種類等，向環保機關申請，取得同意後才可以興建廢水處理設施，完工之後才可以申請「排放許可證」(詳細流程如圖2)。
環保機關接受事業單位的申請案後，將會詳實的審查處理流程，審查流程分別依據設立階段(即設計階段)、營運前階段(即施工階段)及營運後階段(即實際運轉階段)等，分別訂有不同之規定(如圖3)。
事業單位在取得「排放許可證」之後，也應依「排放許可證」所登記的操作流程、操作參數運作，並需定期檢測申報排放之水質，操作維護紀錄也要保存，讓環保機關可以追蹤事業單位是否有妥善運作廢水處理設施。藉由事業單位的自主管理，為守護環境作第二道的把關。最後，事業單位所產生之廢（污）水在排放之前，要符合「放流水標準」，生化需氧量(BOD)、化學需氧量(COD)等綜合性指標，以及重金屬、酸鹼值、揮發性有機物、半揮發性有機物等諸多項目均符合排放限值後，才可以排放，為守護環境作第三道的把關。
